Alemania es el segundo socio más importante del Ecuador en la Unión Europea y está entre los 10 socios más importantes al nivel mundial. El año pasado el valor total de los bienes intercambiados estuvo cerca de los 600 millones de dólares. La balanza comercial bilateral tradicionalmente está a favor del Ecuador. En 2003 alcanzó un saldo positivo de 226 millones de dólares. El producto de exportación más importante del Ecuador a Alemania son las frutas tropicales (69,4% de todas las exportaciones a Alemania en 2003), seguido por el cacao, plantas y flores, pescado y sus derivados y el café. En cambio los productos de importación más importantes fueron planchas de acero, maquinaria, materia prima para el sector farmacéutico, productos terminados del sector químico y camiones y automotores especiales. Se puede decir que el comercio entre los dos países está caracterizado por la desigualdad. De Alemania al Ecuador llegan sobre todo productos terminados industriales, del Ecuador a Alemania en primer lugar alimentos exóticos y materia prima.
Para apoyar sus exportaciones a Europa, el Ecuador abrió en 1993 un Trade Center en Hamburgo que en la actualidad cumple la función de agencia de la Embajada. Además, para facilitar las relaciones comerciales entre los dos países desde 1965 existe un Convenio sobre Fomento y Protección de Inversiones, y desde 1986 un Convenio sobre Doble Imposición.

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